Projekt MNiSW w ramach konkursu na przyznanie środków finansowych na utrzymanie specjalnego urządzenia badawczego (SPUB) (2017-2019)
Kierownik projektu: dr hab. n. med. Beata Pająk
System MassArray4 znajduję się na wyposażeniu Samodzielnej Pracowni Genetyki i Biologii Molekularnej WIHE, która jest zaangażowana w specjalistyczne badania naukowe z dziedziny medycyny molekularnej i epidemiologii genetycznej w zakresie profilaktyki i leczenia chorób cywilizacyjnych (w tym chorób nowotworowych, zaburzeń metabolicznych, cukrzycy, otyłości) oraz chorób o podłożu mikrobiologicznym, w tym wirusów i pasożytów. Poza tradycyjnymi technikami biologii molekularnej, które są wykorzystywane w prowadzonych badaniach, nowym wysoce specjalistycznym urządzeniem, które może podnieść efektywność wykonywanych analiz jest MassArray4 system. System MassArray4 Analyser jest wysokiej jakości platformą do analizy DNA i RNA, pozwalający na skuteczne i precyzyjne pomiary ilości materiału genetycznego i jego zmienności. System MassARRAY® dostarcza jednocześnie specyficznych i czułych wyników bazując na połączeniu spektrometru masowego z mocnymi podstawami biologii molekularnej oraz zaawansowanego oprogramowania do analizy danych. System MassArray jest systemem wykorzystującym wysokowydajną technologię, spektrometrii mas (MALDI TOF) dedykowanej kwasom nukleinowym. Pierwszym krokiem analizy jest desorpcja laserowa matrycy z którą związane jest badane DNA (MALDI, Matrix-Assisted LaserDesorption/Ionization). Jonizacja laserowa zachodzi z tak dobraną energią wiązki, aby nie doprowadzać do fragmentacji cząsteczek lecz tylko do ich wybijania. Następnie działa analizator czasu przelotu (TOF, Time of Flight Analyser) – cząsteczki wprowadzane do analizatora są przyspieszane przy pomocy impulsu elektrycznego i zaczynają dryfować przez komorę analizatora. Na końcu analizatora znajduje się detektor jonów połączony z urządzeniem rejestrującym czas od impulsu przyspieszającego do momentu uderzenia określonej cząsteczki w detektor. Pomiar stosunku masa-ładunek jest oparty na fakcie, że dla impulsu o danym natężeniu czas przelotu jonów wydłuża się ze wzrostem ich masy cząsteczkowej. Siłą systemu MassARRAY® jest nadążanie za rozwojem studiów nad całym genomem – głównie na polu genotypowania SNP (Typer), ilościowej analizy metylacji (EpiTyper), ilościowej analizy ekspresji genów (QGE) oraz analizy porównawczej genów (iSEQ). System pozwala na uzyskanie rzetelnych i swoistych danych ze złożonych próbek biologicznych oraz z materiału genetycznego dostępnego tylko w śladowych ilościach. Aby w pełni kosztystać z potencjału badawczego jaki oferuje MassArray niezbędne jest posiadanie w pełni sprawnego zaplecza pozwalającego na pozyskanie i przygotowanie materiału badawczego. Pracownia Genetyki i Biologii Molekularnej planuje prowadzić zarówno własne jak i usługowe prace badawcze a płynność pracy laboratoryjnej, dostępność pełnej infrastruktury jest niezbędnym warunkiem powodzenia planów. Pracownia posiada w chwili obecnej szereg urządzeń badawczych, także pozyskanych w ramach projektu SPUB uzyskanego w 2016 roku (172 000), jednakże specyfika badań na liniach komórkowych wymaga utworzenia odrębnej pracowni kultur komórkowych, dającej możliwość sterylnej pracy z modelami badawczymi, wykonywania doświadczeń, zbierania i przygotowywania materialu. Ma to szczególne znaczenie w tematyce badań na modelach nowotworowych.