Pracownia Epidemiologii powstała w wyniku reorganizacji Pracowni Informacji Naukowej, Pracowni Monitoringu Epidemiologicznego i Międzyzakładowej Pracowni Analiz Zagrożeń Biologicznych.
Pracownia Informacji Naukowej funkcjonowała w Instytucie od 2005 roku, jej kierownikiem był doc. dr hab. Jerzy Bzdęga. Pracownia Monitoringu Epidemiologicznego powstała na polecenie Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej ds. Resortowej Opieki Zdrowotnej gen. bryg. dr n. med. Andrzeja Trybusza w lipcu 2000 roku. Jeszcze przed utworzeniem Międzyzakładowej Pracowni Analiz Zagrożeń Biologicznych jej personel wspierał delegację narodową RP przy Grupie Ad Hoc Państw Stron Konwencji o Zakazie Broni Biologicznej i Toksynowej, podczas V Konferencji Przeglądowej Konwencji i w międzysesyjnym procesie jej wzmacniania. Brał udział w pracach Komisji Narodów Zjednoczonych ds. Monitorowania i Weryfikacji Iraku (UNMOVIC). Z ramienia UE nadzorował krajową część europejskich ćwiczeń oceniających przygotowanie na wypadek epidemii ospy i grypy. We współpracy z Europejskim Centrum Kontroli Chorób w Sztokholmie podczas wizyt oceniano stan przygotowania poszczególnych państw Unii Europejskiej do pandemii grypy. Pierwszym kierownikiem Pracowni Epidemiologii był prof. dr hab. Krzysztof Chomiczewski.