Pracownia Edukacji, Profilaktyki i Promocji Zdrowia powstała w wyniku reorganizacji struktury Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii, wcześniejsza nazwa Pracowni Higieny i Epidemiologii, zgodnie z Zarządzeniem Nr 8/2025 Dyrektora Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii im. gen. Karola Kaczkowskiego z dnia 30.06.2025 roku w sprawie zmian w Regulaminie Organizacyjnym Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii im. gen. Karola Kaczkowskiego w Warszawie.
Zgodnie z postanowieniami zakres działalności i ciężar naukowo-administracyjny związany z specjalizacją z epidemiologii dla lekarzy został przeniesiony do Zakładu Epidemiologii WIHE.