W 1966 r. utworzono w WIHE Zakład Analityczno-Inspekcyjny Ochrony Mikrofalowej, który zajmował się opracowaniem i wdrożeniem systemu profilaktycznego nadzoru technicznego i medycznego w jednostkach wyposażonych w źródła promieniowania mikrofalowego, badał techniczne środki ochrony przed tym promieniowaniem oraz opracowywał dopuszczalne poziomy narażenia na promieniowanie mikrofalowe. W latach siedemdziesiątych XX wieku zakres oraz formę ochrony mikrofalowej określono w wydanym w 1972 r. rozporządzeniu Rady Ministrów. Do realizacji rozporządzenia wyznaczono Zakład Ochrony Mikrofalowej (który powstał z przekształcenia ZA-IOM), kierowany przez płk. dr. Mieczysława Piotrowskiego.
Głównym celem ZOM była ochrona żołnierzy i pracowników wojska przed promieniowaniem mikrofalowym poprzez bezpośrednie pomiary, ocenę narażenia i kontrolę przestrzegania zasad ochrony mikrofalowej w jednostkach podległych Ministrowi Obrony Narodowej (zadania te realizowane były przez inspektorów Zakładu oraz terenowe ekipy pomiarowe), a także badania nad biologicznym działaniem mikrofal oraz opracowywanie technicznych środków ochrony przed tym promieniowaniem. Podjęte prace w zakresie technicznych środków ochrony wymagały budowy specjalistycznych stanowisk i urządzeń pomiarowych. Jednym z nich była opracowana i wykonana w Zakładzie w 1974 r. unikalna komora bezodbiciowa umożliwiająca prowadzenie eksperymentów technicznych i biologicznych w warunkach fali płaskiej, modulowanej impulsowo.
Znaczącym osiągnięciem Zakładu było opracowanie w latach 1970-1972 okularów chroniących przed promieniowaniem mikrofalowym. Równolegle prowadzono prace nad udoskonaleniem ubiorów chroniących żołnierzy przed silnymi polami mikrofalowymi; opracowany i wykonany prototyp takiego ubioru został wdrożony do wykorzystania w Siłach Zbrojnych. W latach 1974-1979 prowadzone były badania w zakresie dozymetrii promieniowania mikrofalowego. Efektem tych badań było opracowanie integralnej metody pomiarów poziomu ekspozycji przez cały dzień służby.
W ZOM podjęto również badania skutków biologicznych działania mikrofal, ze szczególnym uwzględnieniem promieniowania o małej intensywności. Z kolei, dla celów hipertermii mikrofalowej, skonstruowano zestaw umożliwiający automatyczne utrzymywanie temperatury tkanek nagrzewanych mikrofalami w wymaganym przedziale, a także układy aplikatorów do miejscowego nagrzewania materiałów biologicznych, głównie podskórnych guzów nowotworowych. W ostatniej dekadzie rozszerzono zakres pomiarów kontrolnych promieniowania niejonizującego o częstotliwości radiowe (od 0,1 do 300 MHz). Objęcie stanowisk pracy (służby) systematyczną kontrolą wymagało stworzenia bazy pomiarowej oraz dostosowania istniejącej metodyki pomiarów do wymogów pracy w jednostkach wojskowych. Jednocześnie, w ramach ochrony środowiska, pomiarami kontrolnymi objęto wszystkie jednostki wojskowe, których urządzenia wytwarzają elektromagnetyczne promieniowanie niejonizujące (w zakresie częstotliwości od 0,1 MHz do 300 GHz) wykraczające swoim zasięgiem poza teren tych jednostek (pomiary, na podstawie których wyznacza się strefy ochronne, prowadzone są na zewnątrz jednostek). Kierownikiem ZOM od jego powstania w 1967 r. do 1990 r., był płk dr Mieczysław Piotrowski. W 1991 r. – po włączeniu do ZOM Zakładu Biologicznego Działania Promieniowań Niejonizujących – funkcje Kierownika przejął prof. dr hab. n. med. Stanisław Szmigielski a od dnia 1 maja 2009 kierownikiem zakładu została pani dr hab. n. med. Wanda Stankiewicz, prof. WIHE