Badanie wpływu szkodliwych czynników środowiska na zdrowie personelu wojskowego w różnych warunkach pracy i służby, opracowywanie metod zapobiegania ich ujemnym skutkom oraz udział w zwalczaniu nadzwyczajnych zagrożeń środowiskowych, w tym również w ramach międzynarodowych systemów bezpieczeństwa.
Doskonalenie systemów i metod wykrywania zakażeń i skażeń oraz innych zanieczyszczeń środowiska czynnikami biotycznymi i abiotycznymi, ze szczególnym uwzględnieniem pola walki i ataku terrorystycznego.
Badanie zagrożeń ze strony broni biologicznej i sposobów ochrony przed tą bronią.
Badanie mechanizmów działania środków trujących oraz opracowanie zasad profilaktyki i leczenia zatruć tymi środkami
Badanie mechanizmów działania oraz metod ochrony zdrowia przed szkodliwymi skutkami promieniowania jonizującego i niejonizującego, w tym bronią radiologiczną, nuklearną i elektroniczną.
Doskonalenie metod swoistej i nieswoistej profilaktyki zdrowotnej, w tym poziomu higieny zakwaterowania wojsk, szczególnie w warunkach polowych i trudnych warunkach klimatycznych.
Badanie i doskonalenie poziomu higieny żywności i wyżywienia personelu wojskowego w warunkach garnizonowych i polowych.
Badania nad wydolnością fizyczną żołnierzy, z uwzględnieniem specjalności wymagających dużej zdolności wysiłkowej, oraz możliwościami zwiększenia tej wydolności.
Badanie zagrożeń epizootycznych i antropozootycznych w wojsku oraz opracowywanie metod zapobiegania chorobom odzwierzęcym.
Pełnienie funkcji ośrodka referencyjnego i jednostki wiodącej w Siłach Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej w ochronie przed bronią biologiczną oraz określonych działach ochrony radiologicznej i toksykologii.
Inne działania Instytutu:
Udział w posiedzeniach Podzespołu ds. Zagrożeń Biologicznych Zespołu Zadaniowego Ministerstwie Zdrowia, powołanego decyzją Pana Michała Deskura, Podsekretarza Stanu MSW do oceny implementacji Planu Działania UE w obszarze CBRN oraz opracowania programu przeciwdziałania reagowaniu na zagrożenia w zakresie CBRN, w tym o charakterze terrorystycznym
Udział w spotkaniach Grupy Roboczej ds. Implementacji Konwencji o Zakazie Rozwoju, Pprodukcji i Magazynowaniu Broni Biologicznej i Toksynowej oraz o jej Zniszczeniu (BTWC), prowadzonych pod przewodnictwem Pana Andrzeja Misztala z ramienia Ministerstwa Spraw Zagranicznych.
Udział w spotkaniach Podzespołu ds. Biologicznych w ramach Zespołu ds. Zagrożeń Chemicznych, Biologicznych, Radiologicznych i Nuklearnych - Zespołu CBRN, powołanego podczas posiedzenia Komitetu ds. Bezpieczeństwa Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej UEFA EURO 2012.
Udział w corocznych obradach podczas letnich Spotkań Ekspertów oraz grudniowych Spotkań Państw Stron ds. Konwencji BTWC odbywających się w Pałacu Narodów w Genewie.