Naczelny Dowódca Wojska Polskiego, gen . broni Michał Rola Żymierski, rozkazem organizacyjnym nr-1/Org. polecił sformować Laboratorium Sanitarno-Epidemiologiczne nr 9 Frontu (wg. odpowiedniego etatu radzieckiego nr 027/286), z miejscem postoju w Lublinie (używano wówczas nazwy Sanitarno-Epidemiologiczne Laboratorium Frontu WP nr 9 oraz skrótów SELF 9 lub SEL 9; w korespondencji posługiwano się również numerem poczty polowej nr 57089). Zorganizowanie SELF 9 powierzono lekarzowi wojskowemu bez stopnia Leonowi Kestenowi. Była to nominacja przejściowa a 17.01.1945 r. kierownictwo formowanej jednostki objął kpt. prof. dr n. med. Edmund Mikulaszek, profesor mikrobiologii i kierownik Katedry Mikrobiologii Lwowskiego Instytutu Weterynarii, który w listopadzie 1944 r. ochotniczo wstąpił do Ludowego Wojska Polskiego.
SELF 9 podlegało służbowo i fachowo Wydziałowi 3. Epidemiologii Szefostwa Służby Zdrowia WP a gospodarczo – Punktowi Epidemiologicznemu Frontu (FEP). Miejscem formowania Laboratorium był Polowy Szpital Ewakuacyjny nr 42, który strukturalnie składał się z komendy, oddziału epidemiologicznego, oddziału szczepionek, oddziału niebezpiecznych chorób infekcyjnych, oddziału przeciwmalarycznego, oddziału sanitarno-higienicznego z poddziałem indykacji gazów bojowych, oddziału przygotowania pożywek i odczynników oraz wiwarium. Obsadę etatową stanowiło 22 oficerów, 1 podoficer, 3 szeregowych oraz 20 pracowników kontraktowych, zastępowanych w czasie wojny przez żołnierzy.
W okresie postoju w Lublinie prowadzono szkolenie personelu i doskonalenia metod techniki laboratoryjnej. Oficerowie Laboratorium brali udział w roli wykładowców, w kursie z zakresu epidemiologii i dezynfekcji dla lekarzy wojskowych. Średni personel laboratoryjny odbywał szkolenie w lubelskiej fili Państwowego Zakładu Higieny. W lutym 1945r. Laboratorium przeniesiono do Tworek pod Warszawą, na teren Państwowego Szpitala dla Psychicznie Chorych.
Do głównych zadań SELF 9 należało merytoryczne kierowanie pracą laboratoriów wojskowych 1. i 2. Armii WP, pracowni klimatycznych, polowych szpitali zakaźnych oraz specjalnych plutonów medyczno-sanitarnych batalionów wszystkich walczących dywizji, jak również zaopatrywanie powyższych jednostek w pożywki i odczynniki.
Oficerowie z laboratorium kontrolowali stan sanitarno-higieniczny jednostek, szpitali polowych oraz obozów jeńców wojennych. Nadzorowali także przebieg szczepień ochronnych. Już w lutym 1945r. rozpoczęto prowadzenie badań laboratoryjnych, których liczba szybko wzrosła do kilku tysięcy.
Po zakończeniu działań wojennych Laboratorium przeszło na etat pokojowy. Rozkazem organizacyjnym nr 0233 Naczelnego Dowódcy Wojska Polskiego z 6.09.1945 r. (podpisanym w zastępstwie przez gen. broni Władysława Korczyca) polecono na bazie rozformowanego SELF 9 i 28, sformować Centralne Laboratorium Sanitarno-Epidemiologiczne i Pogotowie Instruktorsko-Dezynfekcyjne Frontu. Ta druga jednostka była sformowana na podstawie rozkazu Naczelnego Dowódcy Wojska Polskiego nr 1/Org. z 8.01.1945 r. wg. etatu 027/225 i była dowodzona przez płk.lek. med. Nikodema Butromowicza.
Etat nr 21/15 CLS-E przewidywał obsadę składająca się z 47 wojskowych i 24 pracowników kontraktowych oraz do 50 kursantów. Nowo powstałe Centralne Laboratorium przystąpiło 1.10.1945 r. do wykonywania zadań korzystając nadal z pomieszczeń szpitala w Tworkach. Na pierwsze miejsce wysunięto zadania naukowe. W grudniu 1946 r. CLS-E zostało przeniesione do Łodzi. Dotychczasowy kierownik płk prof. dr n. med. Edmund Mikulaszek został zdemobilizowany (w związku z objęciem kierownictwa Zakładu Mikrobiologii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego) a jego następcą mianowano płk. lek. med. Paschalisa Zagórskiego.
Po przeniesieniu do Łodzi, część personelu Laboratorium pozostała w Warszawie, część została przeniesiona do innych jednostek, jeszcze inni zrezygnowali ze służby wojskowej. CLS-E mieściło się na terenie Szpitala Klinicznego w Łodzi przy ul. Żeromskiego. Organizacyjnie CLS-E związane było z Centrum Wyszkolenia Sanitarnego, a następnie z Wojskowym Centrum Wyszkolenia Medycznego (WCW Med).
W lutym 1949 r., po przejściu płk lek. med. Paschalisa Zagórskiego na stanowisko naczelnego Epidemiologa WP, kierownictwo CLS-E objął ppłk. dr n. med. Jan Chomiczewski. 18.03.1951 r. Laboratorium wyłączono z WCWMed. i usamodzielniono. W 1952 r. kierownikiem został ppłk lek. med. Marian Lesisz. W tym samym roku rozbudowano strukturę organizacyjną oraz zmieniono nazwę na 34. Wojskowe Centralne Laboratorium Sanitarno-Higieniczne. W okresie pracy w Łodzi głównym zajęciem stała się dydaktyka. Organizowano kursy specjalistyczne dla laborantów, epidemiologów, analityków żywności, zarówno dla potrzeb wojska, jak i innych organizacji, np.: Służby Polsce. Personel WCLSH brał udział w doszkalaniu służb zdrowia, WCWMed. oraz zorganizował dwie katedry i zakłady medycyny wojskowej w Akademii Medycznej w Łodzi.
W 1955 r. 34.WCLSH przeniesiono do Warszawy, a kierownictwo powierzono ppłk dr n. farm. Maksymowi Nikonorowowi. Grupą operacyjną przygotowującą przeprowadzkę do Warszawy i kierującą budową pomieszczeń laboratoryjnych, bibliotecznych i odpowiedniego zaplecza gospodarczego w starych budynkach i barakach liczących około 100lat, dowodził mjr mgr Józef F. Kubica. Przeniesienie do Warszawy łączyło się ze zmianą obsady personalnej. Tylko nieliczni przedstawiciele kadry i personelu cywilnego przybyli do Warszawy. Dołączyli do nich miejscowi pracownicy cywilni a kadra oficerska powiększyła się znacznie o nowych lekarzy, farmaceutów, biologów i chemików. W lutym 1957 r. 34.WCLSH przeszło na nowy etat o strukturze placówki naukowej z podziałem na zakłady i pracownie.
W XV-lecie istnienia placówki, zarządzeniem Ministra Obrony Narodowej z 10.02.1960 r., 34.WCLSH przekształcone zostało w Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii. Rozkazem Ministra Obrony Narodowej nr 27/MON z 20.06.1960 r. Instytutowi nadano imię generała Karola Kaczkowskiego (1797-1867) – szefa służby zdrowia Wojska Polskiego w czasie Powstania Listopadowego (powołanego na to stanowisko przez Rząd Narodowy w stopniu generała sztab-lekarza), profesora zwyczajnego Uniwersytetu Warszawskiego, znakomitego organizatora wojskowej służby zdrowia oraz epidemiologa, odznaczonego za swe zasługi Złotym Krzyżem Virtuti Militari.
20.06.1960 r. podczas obchodów XV-lecia z udziałem Głównego Kwatermistrza WP, gen bryg. Wiktora Zielińskiego, licznych gości wojskowych, przedstawicieli nauki oraz delegacji armii państw Układu Warszawskiego, odsłonięto przeniesiony na teren WIHiE pomnik gen Karola Kaczkowskiego, ufundowany w 1931 r. przez 1. Batalion Sanitarny. W uroczystości wzięła udział 100-letnia wnuczka generała Kaczkowskiego, Pani Kamila Przegalińska.
W latach 1957-1960 ukazywał się Rocznik Wojskowego Centralnego Laboratorium Sanitarno-Higienicznego. W 1961 r. wydany został pierwszy numer Rocznika Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii.
Zarządzeniem Ministra Obrony Narodowej z 28.01.1963 r. Wojskowemu Instytutowi Higieny i Epidemiologii nadano statut, a 13.02. tegoż roku odbyło się posiedzenie I kadencji Rady Naukowej Instytutu pod przewodnictwem członka rzeczywistego Polskiej Akademii Nauk, prof. dr n. med. Edmunda Mikulaszka.
W 1960 r. do Instytutu włączono Ośrodek Ochrony Radiologicznej i Radiobiologii, który powstał na przełomie lat 1959-1960 z inicjatywy i w wyniku działań organizacyjnych ppłk lek. Tadeusza Obary, oraz kand. n med. por. lek Stanisława Lipińskiego. OORiR zajął pomieszczenia w nowo budowanym Centralnym Szpitalu Klinicznym Wojskowej Akademii Medycznej przy ul. Szaserów 128 w Warszawie.
W powstaniu bazy naukowej i ukierunkowaniu badań prowadzonych w OORiR brali udział, jako konsultanci Ośrodka, prof. dr hab. n. med. Edward Kowalski, prof. dr hab. n. med. Władysław Jasiński i doc. dr hab. Jan Ryżewski. Pierwszym kierownikiem Ośrodka został ppłk Tadeusza Obara.
Jesienią 1963 r., po wprowadzeniu struktury zakładowej, w skład OORiR wchodziły:
oraz Pododział Radiologiczno-Izotopowy przy Oddziale Wewnętrznym 1. Wojskowego Szpitala Okręgowego (początkowo kierowany przez kpt. lek. W. Forgalskiego później – mjr lek. R. Denisiewicza)
Utworzenie OORiR rozszerzyło profil działalności Instytutu o nowe wówczas w kraju dziedziny radiobiologii, ochrony radiologicznej i medycyny nuklearnej.
Od 1967 r. kierownictwo OORiT objął ppłk doc. dr hab. n. med. Juliusz Derecki, przejściowo funkcję tą pełnił ppłk doc dr hab. n. med. Przemysław Czerski, a w latach 1969-1971 ponownie ppłk doc. dr hab. n. med. Juliusz Derecki.
W 1973 r., po przeprowadzce Zakładu Toksykologii z ul. Kozielskiej do Ośrodka przy ul. Szaserów, OORiR przemianowano na Zespół Zakładów Radiobiologii i Toksykologii WIHiE, którego kierownikiem został ppłk dr n. med. Jerzy Dyjak. W styczniu 1972 r. ZZRiT został przeniesiony do nowego budynku (tzw. „Izotopów") przy ul. Szaserów, który został specjalnie zaprojektowany dla Ośrodka i wyposażony w urządzenia umożliwiające prowadzenie prac badawczych z izotopami promieniotwórczymi i substancjami toksycznymi (w perspektywie, ZZRiT miał stać się Międzyresortowym Ośrodkiem Obrony przed Bronią ABC). W skład ówczesnego Zespołu wchodziły:
W 1975 r. Zakład Medycyny Nuklearnej i Odział Radiologiczno-Izotopowy przeniesione zostały do CKP WAM (obecnie WIM). Od grudnia 1980 r. po zdaniu obowiązków przez płk hab. n. med. Juliusza Dyjaka, kierownikami ZZRiT byli kolejno: płk prof. dr hab. Zenon Bałtrukiewicz (1980-1981), płk dr n. farm. Romuald Kulesza (1981-1982), ppłk dr n. med. Marian Bielec (1982-1986), płk doc. dr hab. Jerzy Drapiewski (1986-1987), płk doc. hab. Krzysztof Chomiczewski (1987-1992), płk doc. (od 1994 r. profesor) dr hab. Zygmunt Pojda (1992-1998). Od roku 1980 w strukturę ZZRiT wchodziły ponadto: Zakład Immunologii (1980-1984; kierownik: mjr doc. dr hab. Wiesław W Jędrzejczak), Zakład Biologicznego Działania Promieniowań Niejonizujących (1982-1991); kierownicy gen. bryg. doc. dr hab. Tadeusz Obara, następnie prof. dr hab. Stanisław Szmigielski. Samodzielna Pracownia Farmakologii Radiacyjnej (1987-1991; kierownik - ppłk doc. dr hab. Sławomir Lipski), Zakład Hematologii Radiacyjnej (1987-2002; założyciel i kierownik - ppłk doc. dr hab. Zygmunt Pojda)oraz Międzyzakładowa Pracownia Izotopowa (1988-1989; kierownik - mjr doc. dr hab. Marek K. Janiak).
1.05.1963 r. do Instytutu włączono Laboratorium Sanitarno-Higieniczne Wojsk Lotniczych w Krakowie, tworząc Ośrodek Epidemiologii Eksperymentalnej WIHiE o profilu epidemiologiczno-mikrobiologicznym, kierowany początkowo (1963-1965) przez płk dr n. med. Erazma Chodorowskiego. Ośrodek składał się z Zakładu Mikrobiologii (kierowanego przez płk doc. dr hab. Tadeusza Z. Lachowicza) oraz Zakładu Higieny Specjalnej (kierowanego przez ppłk mgr farm. Janusz Zaionca). W roku 1965 r. kierownikiem Ośrodka krakowskiego został płk T. Z. Lachowicz, który pozostał na tym stanowisku do odejścia na emeryturę w 1980r. Kolejnym szefem został płk doc. dr hab. Juliusz Reiss, który kierował Ośrodkiem do czasu przeniesienia tej części WIHiE do Warszawy w 1982 r.
Uchwałą nr 12/64 Rady Ministrów z 22.01.1964 r. Instytutowi przyznano uprawnienia do nadawania stopni naukowych doktora medycyny, farmacji i nauk przyrodniczych. Uprawnienia do przeprowadzenia przewodów habilitacyjnych Instytut uzyskał w 1972 r.
W grudniu 1970 r. płk prof. dr n. farm. Maksym Nikonorow przeniesiony został do rezerwy. Na stanowisko komendanta powołano płk doc. dr hab. Józefa Kubicę, za którego kierownictwa przystąpiono do rozbudowy obiektów WIHiE - oddano do użytku nowe budynki laboratoryjne, gospodarcze oraz zwierzętarnię Instytutu.
7.04.1971 r. powołano Radę II kadencji, ponownie pod przewodnictwem prof. dr hab. Edmunda Mikulaszka. W 1974 r. w Instytucie powołano studium doktoranckie dla pracowników cywilnych instytucji wojskowych oraz wojskowych lekarzy, stomatologów, farmaceutów i biologów.
W 1979 r. przy ul. Kozielskiej 4 w Warszawie oddano do użytku nowy główny budynek Instytutu. W 1981 r. za szczególne osiągnięcia w działalności naukowo-badawczej i wkład w rozwój ochrony zdrowia w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, Rada Państwa nadała Wojskowemu Instytutowi Higieny i Epidemiologii im. gen. Karola Kaczkowskiego Order Sztandaru Pracy II klasy.
Od 15.03.1982 r. zgodnie z Zarządzeniem Głównego Kwatermistrza WP nr 20 z 17.12.1981 r. Instytut zaczął pełnić funkcje wojskowej stacji sanitarno-epidemiologicznej na terenie Garnizonu Stołecznego. Stan ten trwał do 1999 r.
W grudniu 1982 r. Komendantem WIHiE został gen. bryg. prof. hab. n. med. Jerzy Bończak. We wrześniu 1984 r. obowiązki Komendanta Instytutu przejął płk doc. dr hab. n. med. Juliusz Reiss. W 1985 r. Komendantem Instytutu został ponownie płk prof. dr hab. Józef F. Kubica.
19.02.1986 r. powołano Radę Naukową V kadencji, pod przewodnictwem prof. dr hab. Włodzimierza Kuryłowicza.
Na podstawie Zarządzenia Szefa Sztabu Generalnego nr 031/Org. z 03.04.1990 r. do Instytutu włączono Wojskowy Ośrodek Naukowo Badawczy Służby Weterynaryjnej w Puławach, którego komendantem był płk. doc. dr hab. Michał Bartoszcze. W tym samym czasie Zarządzeniem Ministra Obrony Narodowej nr 46/MON z 30.05.1990 r., WIHiE otrzymało nowy statut, zgodnie z którym Instytut stał się równocześnie jednostką wojskową i jednostką badawczo-rozwojową. W skład podstawowej struktury Instytutu powołano zespoły zakładów: Higieny i Epidemiologii Wojskowej oraz Radiobiologii i Toksykologii (w Warszawie), oraz Ośrodek Badań Weterynaryjnych (w Puławach), którego kierownikiem i jednocześnie zastępcą komendanta WIHiE pozostał płk doc. dr hab. Michał Bartoszcze.
W 1991 r. po przejściu płk dr hab. Józefa Kubicy na emeryturę, Komendantem WIHiE został prof. dr hab. Jerzy Faff.
25.09.1991 r. powołano Radę Naukową VI kadencji pod przewodnictwem płk w st. spocz. prof. dr hab. Józefa Kubicy.
Cztery lata później powołano VII kadencję Rady Naukowej pod przewodnictwem prof. dr hab. Jana Ryżewskiego, w 1996 r., po przejściu płk. prof. dr hab. Jerzego Faffa na emeryturę, komendantem Instytutu został płk. prof. dr hab. Krzysztof Chomiczewski
Kolejny raz Zarządzeniem nr 5/MON z 04.02.1997 r. przeformowano WIHiE włączając go do struktury Wojskowej Akademii Medycznej im. Bolesława Szareckiego w Łodzi z postanowieniem, że będzie działał na prawach wydziału WAM z oddzielnym etapem, będąc jednocześnie zakładem opieki zdrowotnej.
W 1999 r. powołano VIII kadencję Rady Naukowej pod przewodniczącym prof. dr hab. Janusza Jeljaszewicza.
W kwietniu 2002 r. dzięki wsparciu Biura Współpracy Obronnej Ambasady USA w Warszawie i amerykańskiej pomocy finansowej w Ośrodku Badań Weterynaryjnych WIHE w Puławach otwarto pierwsze w Polsce laboratorium mikrobiologiczne trzeciej klasy bezpieczeństwa biologicznego (BSL-3) przygotowane do prowadzenia identyfikacji, badań i archiwizacji szczególnie niebezpiecznych patogenów i toksyn bakteryjnych. Jednocześnie puławska część Instytutu zmieniła nazwę na Ośrodek Diagnostyki i Zwalczania Zagrożeń Biologicznych WIHiE, którego kierownikiem został doc. dr hab. Michał Bartoszcze.
W czerwcu 2002 r. po przejściu płk. prof. K. Chomiczewskiego na emeryturę, kolejnym i zarazem ostatnim komendantem WIHiE został płk doc. dr hab. n. med. Marek K. Janiak. W wyniku realizacji Rozporządzenia Ministra Obrony Narodowej z 16.09.2002 r. WIHiE przekształcono w samodzielną jednostkę badawczo – rozwojową, poddaną prawom gospodarki rynkowej, co spowodowało zasadnicze zmiany w zasadach funkcjonowania. Jednocześnie Instytut otrzymał nowy statut, przestał być jednostką wojskową i zlikwidowano stanowisko Komendanta. Pierwszym dyrektorem WIHiE został mianowany płk doc. dr hab. Marek K. Janiak, a zastępcami dyrektora – dr hab. Jerzy Bzdęga i dr hab. Michał Bartoszcze. Zgodnie z zapisami Ustawy o Jednostkach Badawczo-Rozwojowych, Instytutowi oddano w użytkowanie wieczyste nieruchomość gruntową (o powierzchni całkowitej 62 919 m2) położoną w Warszawie przy ulicy Kozielskiej 4, oraz nieruchomość gruntową (o powierzchni 37 669 m2) położoną w Puławach przy ulicy Lubelskiej 2. Własnością Instytutu zostały budynki i budowle na trwałe związane z ww. gruntami (ich wartość przy ul. Kozielskiej w Warszawie oszacowano na sumę 7 723 270 zł).
8.10.2003 r. powołano Radę Naukową IX kadencji, której przewodniczącym został prof. dr hab. Józef Piotr Heczko.
21.05.2004 r. dyrektor WIHE, płk doc. dr hab. Marek K. Janiak w imieniu Ministra Obrony Narodowej Rzeczypospolitej Polskiej podpisał Załącznik o Wymianie Informacji IEA-A-03-PL-1688 do Podstawowego Porozumienia Polsko - Amerykańskiego o Wymianie Informacji, który "zapewnia wymianę informacji naukowej i technicznej w obszarach obopólnego zainteresowania badaniami, rozwojem i testowaniem wyposażenie, procedur, odczynników i technik wnoszących wkład w obronę przed czynnikami biologicznymi i czynnikami". W imieniu Departamentu Obrony USA Załącznik podpisał James H. Zarzycki, dyrektor techniczny Centrum Chemicznego i Biologicznego Armii Amerykańskiej w Edgewood (ECBC). Ceremonia podpisania odbyła się na terenie ECBC w stanie Maryland. Zawarta na pięć lat umowa, jest kontynuacją zapisów Załącznika IEA-A-96-PO-1556 podpisanego przez przedstawicieli obu ministerstw obrony w grudniu 1996 r. W obu przypadkach, komisarzem technicznym projektu ze strony polskiej został doc. dr hab. Michał Bartoszcze.
21.12.2004 r. Minister Obrony Narodowej, wbrew stanowisku Dyrekcji i Rady Naukowej Instytutu wydał rozporządzenie w sprawie połączenia Wojskowego Instytutu Medycyny Lotniczej oraz Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii im. gen. K. Kaczkowskiego z Wojskowym Instytutem Medycznym.
Wskutek interwencji Komisji Obrony Narodowej Sejmu RP, która zebrała się 6.01.2005 r. Minister Obrony Narodowej rozporządzeniem z 21.02.2005 r. uchylił swoją decyzję i wszystkie trzy Instytuty pozostały odrębnymi jednostkami organizacyjnymi.
W roku 2005, zgodnie z zaleceniami Ministra Nauki i Informatyzacji oraz Unii Europejskiej, Instytut wszedł w skład dwóch konsorcjów badawczo-rozwojowych:
W związku z obchodami 60-lecia Instytutu, w roku 2005 zorganizowano:
Obecnie WIHiE jest jedynym w Polsce ośrodkiem merytorycznie, kadrowo i organizacyjnie przygotowanym do prowadzenia działalności badawczej, zapobiegawczej, szkoleniowej i usługowej w zakresie obrony i ochrony zdrowia przed biologicznymi, chemicznymi, radiologicznymi i nuklearnymi czynnikami broni masowego rażenia (BMR), a także promieniowaniem niejonizującym, które mogą być użyte w czasie konfliktów zbrojnych i ataków terrorystycznych. W tym zakresie, Instytut prowadzi działalność zgodnie z zaleceniami i standardami Organizacji Traktu Północnoatlantyckiego (NATO) oraz współdziała z USA i Unią Europejską w tworzeniu międzynarodowego systemu przeciwdziałania proliferacji i stosowania BMR.
W ciągu ostatnich lat WIHiE stał się uznanym ośrodkiem opiniotwórczym i opiniodawczym w dziedzinie obrony przed bronią biologiczną. W tym zakresie Instytut ściśle współdziała z Biurem Bezpieczeństwa Narodowego, Państwową Inspekcją Sanitarną, Inspekcją Sanitarną MSWiA, a także organizacjami pozarządowymi.
We współpracy z Głównym Inspektorem Sanitarnym pod patronatem Komisji d/s Bioterrotyzmu Rady Sanitarno-Epidemiologicznej Kraju, grupa robocza ekspertów pod kierownictwem pracownika Instytutu przygotowała procedury postępowania epidemiologicznego, diagnostycznego, klinicznego i medyczno-organizacyjnego w epidemiach chorób szczególnie niebezpiecznych w atakach biologicznych, w pierwszej fazie projektu koncentrując się na planach postępowania w przypadku epidemii ospy prawdziwej.
Przedmiotem działalności Instytutu jest prowadzenie dla potrzeb Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej oraz na rzecz bezpieczeństwa państwa badań naukowych, prac rozwojowych i wdrożeniowych, a także działalności profilaktycznej, diagnostycznej, usługowej, szkoleniowej i informacyjnej w zakresie higieny, epidemiologii, mikrobiologii, radiologii, ochrony radiologicznej, farmakologii, toksykologii i weterynarii wojskowej.W szczególności do zakresu działania Instytutu należą:
Od 2003 r. WIHiE wykonuje na rzecz Ministra Obrony Narodowej specjalistyczne zadania badawczo-rozwojowe w zakresie:
Pracownicy Instytutu są ekspertami w ocenie możliwości ratyfikacji i implementacji porozumień standaryzacyjnych (STANAG) NATO i innych międzynarodowych i krajowych aktów prawnych dotyczących szeroko pojętej problematyki obrony i ochrony przed bronią masowego rażenia. W latach 80-tych ubiegłego wieku w WIHiE opracowano procedury określania toksyczności dla potrzeb Konwencji o Zakazie Broni Chemicznej, które zostały przyjęte przez Komitet ds. Rozbrojenia ONZ. Od czasu wstąpienia Polski do NATO w 1999 r. przedstawiciele Instytutu aktywnie uczestniczą w pracach w pracach Panelu HFM (Human Factors and Medicine), Organizacji ds. Badań i Technologii (RTO) NATO, Bio-Medycznego Komitetu Doradczego (BioMedAC) NATO, Medycznej Grupy Roboczej NATO ds. Broni Jądrowej, Chemicznej i Biologicznej (NBC Medical Working Group), Grupy Zadaniowej Panelu HFM RTO (RTO/HFM Task Group) ds. Skutków Biomedycznych Promieniowania Jjonizującego, Grupy Zadaniowej Panelu HFM ds. Ochrony Przed Działaniem Pól Elektromagnetycznych 3 kHz - 300 GHz oraz Grupy Roboczej COMEDS ds. Higieny, Technologii Żywności i Służby Weterynaryjnej.
Od 1999 r. Instytut bierze udział w pracach Międzynarodowych Komitetu Doradczego Programu Pól Elektromagnetycznych Światowej Organizacji Zdrowia (WHO).
W latach 1997 - 2001 ekspert Instytutu wspierał technicznie delegację narodową RP przy Grupie Ad Hoc Państw Strony Konwencji o Zakazie Broni Biologicznej i Toksynowej, a obecnie jest uczestnikiem V Konferencji Przeglądowej Konwencji.