Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii im. K. Kaczkowskiego jest unikalnym w skali kraju i kraju instytutem badawczym przygotowanym merytorycznie, kadrowo i organizacyjnie do prowadzenia na rzecz Resortu Obrony Narodowej oraz innych instytucji państwowych działalności badawczej, zapobiegawczej, szkoleniowej i usługowej w zakresie skutków zdrowotnych i sposobów przeciwdziałania chorobom wywołanym BRONIĄ MASOWEGO RAŻENIA:
Działalność Instytut prowadzona jest zgodnie z zaleceniami i standardami Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego. Dzięki ścisłej współpracy z członkami NATO i Unią Europejską Instytut współtworzy międzynarodowy systemu przeciwdziałania broni masowego rażenia. W szczególności, WIHE jest uznanym ośrodkiem badawczym i opiniotwórczym w zakresie przeciwdziałania skutkom broni biologicznej.
Misją Instytutu jest prowadzenie dla potrzeb Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej oraz na rzecz bezpieczeństwa państwa badań naukowych, prac rozwojowych i wdrożeniowych, działalności profilaktycznej, diagnostycznej, usługowej, szkoleniowej i informacyjnej w zakresie higieny, epidemiologii, mikrobiologii, radiobiologii i ochrony radiologicznej (w tym, dotyczącej promieniowania niejonizującego), farmakologii, toksykologii i weterynarii wojskowej.
Instytut posiada laboratorium 3 klasy bezpieczeństwa biologicznego (BSL-3), w którym można identyfikować i badać bakterie i toksyny wywołujące takie choroby jak:
które mogą być użyte w czasie ataku bio-terrorystycznego i/lub stanowić ognisko groźnych epidemii. Obecnie w Polsce są dostępne tylko trzy laboratoria o tak wysokim stopniu bezpieczeństwa biologicznego.
Instytut ściśle współdziała z Biurem Bezpieczeństwa Narodowego, Państwową Inspekcją Sanitarną, Inspekcją Sanitarną MSWiA, a także organizacjami pozarządowymi (np. Fundacją ds. Przeciwdziałania Terroryzmowi i Zagrożeniom Biologicznym).